(1)财务报表反映的数据可能不公允

母公司与子公司之间的控制与被控制的关系，往往造成母公司与子公司、子公司与子公司之间的内部交易有失公允。常表现为：产品、材料、动力、固定资产的内部销售价格偏离市场价格;股权交易价值偏离市场价值;成本、费用分摊的不公平性等。这些内部交易的发生，使得集团公司内部包括母公司在内的个别财务报表可能失真。

个别财务报表的失真，无疑会对收益预测、经营影响因素分析、重置成本的确定带来影响，最终导致以个别财务报表为基础进行的资产评估得出的母公司价值缺乏说服力。

(2)增加了工作量、评估效率低

若以母公司的个别财务报表作为依据评估其企业价值，则除采用市场法外，采用收益法与资产基础法均需要分别对其子公司进行评估，工作量之大可想而知。

虽然利用资产基础法对母公司的每项资产进行评估时，可以对某些不公平关联交易结果进行纠正，但是，在对于某一项规模很大的资产进行评估时，评估师一般需要采用抽样的方法。但当以母公司的单一财务报表作为资产依据时，涉及关联交易的资产将被作为样本的可能与将被排除在样本之外的可能，都将使抽样样本与样本总体特征严重不一致，从而得出错误的统计结果。